Фамилия Аганесовы происходит от мужского имени Аганес — варианта армянского имени Оганес, которое переводят как «огненный». Это имя давали мальчикам, желая им вырасти энергичными, страстными, с сильным характером. Основа фамилии — имя Аганес, к которому добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, указывающий на родство: «Аганесов» буквально значит «сын Аганеса» или «из рода Аганеса».

Сама фамилия Аганесов — не исконно русская, а заимствованная. Она относится к пласту фамилий, которые появились в России благодаря контактам с восточными и южными соседями. В XV–XVII веках на русскую службу приходили выходцы из Золотой Орды, а также армянские купцы, ремесленники и военные. Многие из них получали дворянство и оседали в России, постепенно обрусевая. Фамилия Аганесов — один из таких следов: армянское по корню имя оформилось по русской модели (суффикс -ов), что и закрепилось в документах.

Стоит уточнить: хотя в некоторых источниках фамилию связывают с тюркскими корнями (печенеги, половцы), это, скорее, смешение двух разных версий. Имя Аганес/Оганес — армянское, а не тюркское. Возможно, путаница возникла из-за того, что в России армянские фамилии нередко записывали «на тюркский лад» или путали с мусульманскими именами, звучавшими похоже. Но именно армянская этимология — самая прямая и подтверждённая.

Фамилия Аганесов — редкий пример, когда иноязычное имя органично вписалось в русскую фамильную систему, сохранив при этом память о своём «огненном» значении.