Фамилия Аганесян — яркий пример армянской модели фамилии, указывающей на происхождение от личного имени. Основа здесь — Аганес, армянская форма библейского имени Иоанн (в русской традиции — Иван). Имя Аганес (Աղանես) означает «Благодать Божия» или «Бог милует», что делает эту фамилию одной из многих в ряду «тезок» Ивановых, Ованесянов и Джонсонов.

Суффикс -ян (в классической орфографии — -յան) — самый распространённый фамильный показатель в Армении. Он указывает на принадлежность, родство или происхождение: буквально «из рода Аганеса» или «сын Аганеса». В западных диалектах армянского языка тот же суффикс часто выглядит как -янц, но в русской записи закрепилась восточноармянская форма -ян. Таким образом, Аганесян — это отчество, которое со временем стало наследственной фамилией.

Стоит отметить, что в русском языке фамилия Аганесян не склоняется, если принадлежит мужчине, и не склоняется в женском варианте. В самой Армении фамилия распространена повсеместно, но чаще встречается в регионах, где исторически были сильны традиции имянаречения библейскими именами. Встречаются варианты написания: Аганесянц, Аганесов (русифицированная форма с суффиксом -ов), а также Оганесян — более частая на слуху версия, где начальная «о» возникла под влиянием русского произношения имени Ованес.

Любопытная деталь: в отличие от многих армянских фамилий, образованных от названий ремёсел (например, Восканян — ювелир) или географических названий, Аганесян чисто патронимическая. Это значит, что предок носителя фамилии не обязательно был священником или богословом — он просто носил имя Аганес, которое в народе было так же распространено, как Иван в России. Поэтому по одной фамилии нельзя определить сословие предков: среди Аганесянов были и крестьяне, и ремесленники, и дворяне.