Фамилия Аганесян — чистый патроним, то есть образована от личного имени, а не от профессии или места жительства. Основа — Аганес, армянская форма библейского имени Иоанн (в русской традиции — Иван). Значение имени Аганес (Աղանես) — «Благодать Божия» или «Бог милует», так что по смыслу это прямой аналог русских Ивановых, английских Джонсонов и грузинских Иванишвили.

Суффикс -ян (в классической орфографии -յան) — главный фамильный показатель в Армении. Он указывает на принадлежность к роду: буквально «из рода Аганеса» или «сын Аганеса». В западных диалектах армянского тот же суффикс часто выглядит как -янц, но в русской записи закрепилась восточноармянская форма -ян. Так что Аганесян — это бывшее отчество, которое со временем стало наследственной фамилией.

В русском языке фамилия Аганесян не склоняется ни в мужском, ни в женском варианте. В самой Армении она распространена повсеместно, но чаще встречается в регионах с сильными традициями библейских имянаречений. Встречаются варианты написания: Аганесянц, Аганесов (русифицированная форма с суффиксом -ов), а также Оганесян — более частая на слух версия, где начальная «о» возникла под влиянием русского произношения имени Ованес.

Любопытная деталь: в отличие от многих армянских фамилий, образованных от названий ремёсел (Восканян — ювелир, Дарбинян — кузнец) или географических названий, Аганесян чисто патронимическая. Это значит, что предок носителя фамилии не обязательно был священником или богословом — он просто носил имя Аганес, которое в народе было так же распространено, как Иван в России. Поэтому по одной фамилии нельзя определить сословие предков: среди Аганесянов были и крестьяне, и ремесленники, и дворяне.