Фамилия Аганисян — яркий представитель армянского ономастикона, образованный по классической для Закавказья модели. Её основа — личное имя Аган (вариант Ага, Аганес), которое восходит к древнееврейскому имени Иоанн (Yohanan), означающему «Яхве (Бог) смилостивился», «дар Бога». В армянском языке это имя трансформировалось в Ованес, а в просторечии — в Аган или Ага.

Ключевой элемент здесь — суффикс -ян (в старой орфографии -янц), который является патронимическим, то есть указывает на принадлежность к роду: Аганисян буквально значит «из рода Агана», «потомок Агана». Это типичный армянский способ образования фамилий, аналогичный русским фамилиям на -ов/-ев или -ин. В отличие от многих русских фамилий, которые закрепились в XVI–XVII веках, армянские фамилии на -ян массово оформлялись позже, в XIX — начале XX века, в период вхождения Восточной Армении в состав Российской империи, когда потребовалась фиксация родовых имён в официальных документах.

Географически фамилия Аганисян наиболее распространена в Армении, а также в армянских диаспорах России, Грузии и стран Ближнего Востока. Интересно, что в армянском языке существует параллельная форма Аганян — без интерфикса -ис-. Разница в написании (Аганян vs. Аганисян) может указывать на разные диалектные произношения: в западных диалектах армянского языка суффикс -ян нередко присоединялся напрямую, а в восточных (особенно в карабахском или нахичеванском говорах) возникала вставная гласная или согласная для благозвучия. Таким образом, Аганисян — это не ошибка, а диалектный вариант, закреплённый в паспорте.

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым: предки могли быть как крестьянами-земледельцами, так и ремесленниками или купцами. Само имя Аган не было престижным или аристократическим — оно бытовало в народной среде, поэтому фамилия не указывает на принадлежность к духовенству или княжескому роду (для этого использовались фамилии с суффиксами -уни, -янц с приставкой Тер-). Единственное, что можно сказать с уверенностью: предки носителя фамилии Аганисян жили на территории исторической Армении и говорили на одном из восточных диалектов, где имя Иоанн звучало как Аган.