Фамилию Аганикян носите вы или ваши предки — и первое, что бросается в глаза, это её «чистый» армянский суффикс -ян. В дореволюционных записях его часто писали как -янц, и если вы встречали вариант Аганикянц, это верный признак того, что фамилия была записана ещё в XIX веке, до массовой русификации. Многие армянские фамилии при переходе в русскую среду получали окончания -ов или -ев (например, Аганесов), но Аганикян сохранила исходную форму — это говорит о том, что её носители либо поздно вошли в русскую антропонимическую систему, либо оставались в среде, где армянский язык и традиция именования были сильны.

Основа фамилии — личное имя Аганик. Это уменьшительная или ласкательная форма от древнеармянского Аганес, который, в свою очередь, является местным вариантом библейского имени Иоанн (в русской традиции — Иван). Восходит оно к древнееврейскому Йоханан, что значит «Бог милостив» или «Яхве смилостивился». Таким образом, Аганикян буквально означает «потомок маленького Аганеса» или «сын Аганика». В армянских семьях такие уменьшительные формы часто давали младшим детям или использовали как ласковое обращение, так что за фамилией может стоять тёплая семейная история.

Географически фамилия Аганикян распространена среди армян, чьи корни уходят в Западную Армению — исторические области на востоке современной Турции. После геноцида 1915 года многие носители оказались в диаспоре: на Ближнем Востоке, в Европе и Америке. В России и на постсоветском пространстве Аганикян встречается реже, чем, скажем, Аганесян или Аганов, что подтверждает её локальный, менее массовый характер. Сословно предки Аганикянов могли быть кем угодно — от крестьян до ремесленников или купцов. Библейские имена вроде Аганес были распространены среди всех слоёв армянского общества, так что элитарной эту фамилию не назовёшь, но именно это и делает её типичной и живой.