Фамилия Афанесян — один из примеров армянской патронимической модели, где суффикс -ян (в старой орфографии — -янц) указывает на родовую принадлежность: «из рода Афанеса» или «потомок Афанеса». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто передают прямое отчество (чей сын), армянский -ян закрепляет за человеком принадлежность ко всему роду, а не только к отцу. Это тонкое, но важное различие: Афанесян — не «сын Афанеса», а «человек из клана Афанеса».

Основа фамилии — личное имя Афанес, армянская переработка греческого имени Афанасий (Αθανάσιος), что значит «бессмертный» (от α — «без» и θάνατος — «смерть»). Армянский язык перестроил греческую форму по-своему: конечное «-сий» превратилось в твёрдое «-с», а ударение сместилось, дав Афанес. Встречается и вариант Афанас — обе формы бытовали параллельно, но именно Афанес стал основой для фамилии.

С точки зрения словообразовательной модели, Афанесян — «чистый» патроним: суффикс -ян присоединён прямо к полной форме имени, без уменьшительных или прозвищных суффиксов. Это говорит о том, что родоначальник нёс имя Афанес как официальное, а не как домашнее или уличное прозвище. Такие фамилии обычно старше тех, что образованы от кратких форм.

Географически фамилия тяготеет к западным областям исторической Армении — нынешней территории Турции. Имя Афанес там встречалось среди армян-католиков и григориан, но реже, чем Ованес или Григор, поэтому и фамилия сравнительно редкая. После геноцида 1915 года носители разошлись по диаспоре, и сегодня Афанесян можно встретить в России, странах Закавказья, Европе и США, но без выраженного регионального центра.

В русском языке фамилию иногда записывают как Офанесян из-за аканья (безударное «о» звучит как «а»), но исторически верное написание — через А. В дореволюционных метрических книгах попадается и калька по русской модели — Афанесов, но эта форма не прижилась. Ещё один редкий вариант — Афанесянц, с сохранением старого суффикса -янц, который в современном письме почти вытеснен кратким -ян.