Фамилия Афанин — редкий случай, когда суффикс -ин указывает не на отчество от полного крестильного имени, а на прозвище или усечённую форму. В русской модели фамилий -ин обычно присоединяется к основам на -а/-я: Пушка — Пушкин, а вот Афанин — явно от основы «Афаня». Это сразу отличает её от более привычных Афанасьевых.

Самая вероятная версия: Афаня — народная, разговорная форма имени Афанасий. От греческого «бессмертный» в русских говорах его сокращали до Афоня, Афаня, Фаня. Если человека в быту звали Афаней, его дети становились Афаниными. Такой путь — от полного имени через обиходный вариант — типичен для крестьянской среды XVII–XVIII веков, когда фамилии только закреплялись и часто фиксировали не официальное, а домашнее прозвище.

Менее распространённая гипотеза — прозвище Афаня могли дать за сходство с афанитом (минералом) или по какому-то диалектному слову. Но в словарях русских говоров «афаня» не фиксируется как самостоятельное нарицательное слово, поэтому версия с именем Афанасий остаётся основной. Это именно та ситуация, когда ономастика опирается на антропонимику, а не на лексику.

Фамилия редкая, не входит в списки самых частых русских фамилий. Встречается в центральных областях России, особенно в Тверской и Ярославской губерниях, где имя Афанасий было популярно, а суффикс -ин в фамилиях — обычным явлением. По сословной принадлежности Афанины, скорее всего, были крестьянами или мещанами: дворянские фамилии на -ин чаще образовывались от полных форм (Афанасьев), а не от уменьшительных.

Однокоренные фамилии — Афанасьев, Афонин, Фанин, Фанеев — все восходят к тому же имени, но через разные суффиксы и варианты. Афанин стоит в этом ряду как самая короткая и «домашняя» форма, сохранившая бытовое прозвище предка. Если вы носите эту фамилию, можно с большой уверенностью сказать, что ваш предок в быту звался не Афанасием, а именно Афаней — и это отличает его от тысяч Афанасьевых, чья фамилия образована от полного имени.