Вероятно, Афанака — просторечный вариант имени Афанасий, которое в переводе с греческого означает «бессмертный». Это имя было довольно распространено в старину, поскольку часто встречалось в святцах: в истории православия известно более тридцати святых покровителей этого имени. По другой версии, фамилия Афанакин является вариантом греческой фамилии Афанаки, адаптированной русскими. В этом случае фамилия Афанаки может быть образована от прозвища Афан, которое переводится как «темный» или «скрытный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афанака, со временем получил фамилию Афанакин.