Фамилия Афанакин образована от имени или прозвища Афанака — просторечной, обиходной формы канонического имени Афанасий. В переводе с греческого Афанасий означает «бессмертный». Имя было широко распространено на Руси, поскольку в православных святцах значится более тридцати святых с этим именем, что обеспечивало его частоту в крестьянской и городской среде.

Суффикс -ин указывает на типичную модель русских фамилий: так называли «сына Афанаки» или «человека из дома Афанаки». Если бы основой послужила полная форма имени Афанасий, фамилия звучала бы как Афанасьев. Усечение до Афанака — характерный признак народной, разговорной традиции имяобразования, когда длинное церковное имя сокращали для повседневного обихода.

Существует и альтернативная версия: фамилия могла быть адаптированным вариантом греческой фамилии Афанаки. В этом случае исходное прозвище Афан (от греческого «афан» — тёмный, скрытный, невидимый) не связано с именем Афанасий. Версия менее вероятна, потому что греческие фамилии на -аки обычно указывают на происхождение с Крита или из Малой Азии, и их массовое проникновение в русскую среду маловероятно без специальных исторических предпосылок. Скорее всего, сходство с греческим образцом случайно.

Таким образом, потомок человека по имени Афанака (Афанасий в бытовом произношении) со временем закрепил за своей семьёй фамилию Афанакин. Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где форма Афанака встречалась чаще, чем на севере.