Фамилия Афанакины образована от имени или прозвища Афанака, которое, скорее всего, является просторечной, обиходной формой канонического имени Афанасий. В переводе с греческого «Афанасий» означает «бессмертный». Имя было широко распространено в старину благодаря частому упоминанию в святцах: православная традиция знает более тридцати святых с этим именем, что делало его одним из самых популярных при крещении. Модель образования фамилии здесь проста и типична: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?») — «сын Афанаки» или «человек из семьи Афанаки».

Есть и альтернативная версия, которая связывает фамилию не с русским, а с греческим корнем. Согласно ей, Афанакины — это русифицированный вариант греческой фамилии Афанаки. В таком случае основа могла восходить к прозвищу Афан, которое переводят как «тёмный» или «скрытный». Эта версия менее распространена, но имеет право на существование, учитывая давние культурные и торговые связи Руси с греческим миром.

Словообразовательная модель с суффиксом -ин (а не, скажем, -ов) подсказывает, что исходное имя или прозвище оканчивалось на гласный звук или мягкий согласный: Афанака, Афанакя. Такие фамилии чаще встречались в северных и центральных регионах России, где патронимы на -ин были особенно характерны. Точное время и место возникновения фамилии Афанакины установить сложно — процесс становления фамилий у разных сословий растянулся на несколько столетий. Однако ясно, что перед нами памятник народной речи, где церковное имя Афанасий обросло уменьшительными и бытовыми формами, одна из которых и закрепилась в родовом прозвании.