Фамилия Афанасий — редкий случай, когда полное крестильное имя стало наследственным прозвищем и закрепилось в качестве фамилии. Обычно от имени Афанасий образовывались производные формы (Афанасьев, Афанасенко, Афоня, Фоня), но в некоторых семьях, особенно в среде духовенства или в северных и сибирских говорах, фамилией стало само имя в исходном виде. Это говорит о том, что предок мог быть либо единственным Афанасием в округе, либо имя использовалось как прозвище-оберег, либо фамилию дали по отцу, но в документах записали не патроним, а личное имя.

Имя Афанасий — греческого происхождения, от «афанатос» — бессмертный. В крестьянской и купеческой среде оно было очень популярным, поэтому фамилия Афанасий встречается, но крайне редко. По сути, это усечённая форма отчества: вместо «сын Афанасия» — просто «Афанасий». Такая модель образования фамилий характерна для XVII–XVIII веков, когда перепись населения фиксировала людей по имени отца без добавления суффикса, и это написание закреплялось за родом.

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, фамилия Афанасий не даёт подсказки о регионе по суффиксу. Носители могут быть из любой части России, но чаще всего такие «именные» фамилии встречаются в старообрядческих общинах, где сохраняли архаичные формы записи, или среди потомков однодворцев южных губерний. Встречается и двойное написание: Афанасий и Афонасий — через «о» в первом слоге, что отражает акающее произношение.

Поскольку фамилия совпадает с именем, её носители часто сталкиваются с путаницей в документах и бытовом общении. С точки зрения ономастики, это яркий пример «ономастической омонимии», когда одна форма выполняет разные функции. Сегодня фамилия Афанасий остаётся большой редкостью — она не входит даже в первую тысячу самых распространённых русских фамилий.