Фамилия Афанасев — один из вариантов отчества от крестильного имени Афанасий, которое восходит к греческому «афанатос» — «бессмертный». Её образование пошло по простой и распространённой модели: имя плюс суффикс принадлежности -ев, который добавляется после мягкого согласного «с». Главное отличие от более частотной формы Афанасьев — усечение: выпадение йота и смягчающего знака. В живой речи имя произносили как «Афанас» (с твёрдым «с»), и от него образовывали отчество уже напрямую, без восстановления полной церковной формы.

Этот процесс — стяжение и опрощение — типичен для русских фамилий, возникших в крестьянской и мещанской среде. Письменная фиксация там не всегда следовала церковному произношению, поэтому Афанасев — не опечатка, а исторически сложившийся вариант, который фиксировался в метрических книгах и ревизских сказках XIX века. По той же модели образованы фамилии Тимофеев (от Тимофей) и Дорофеев (от Дорофей), но там усечение встречается реже — имя в обиходе реже сокращалось до твёрдой основы.

Географически фамилия Афанасев чаще встречается в центральных и южных регионах России, а также на Украине и в Беларуси. Именно там в устной речи имя Афанасий нередко сокращали до «Афанас». Интересно сравнить её с фамилией Афанасов: она образована от той же усечённой основы, но с суффиксом -ов после твёрдого «с». Афанасев — более редкий вариант, указывающий на мягкое произношение корня, но без йота. В дореволюционных документах можно встретить написание «Афанасѣвъ» (с буквой «ять» в окончании), что не меняет этимологии: это лишь особенность орфографии того времени.

Сегодня фамилия не входит в число самых распространённых, но её носители есть в разных регионах. Основная версия происхождения — отчество от разговорной формы имени, что прямо указывает на имя отца или основателя рода.