Фамилия Афанасев — один из вариантов отчества от крестильного имени Афанасий. В основе лежит греческое «афанатос» — «бессмертный». Фамилия образована по простой и распространенной модели: имя + суффикс принадлежности -ев (после мягкого согласного «с»). В отличие от более частотной формы Афанасьев, где сохранился мягкий знак перед суффиксом (Афанасий → Афанасьев), в фамилии Афанасев произошло усечение — выпадение йота и смягчающего знака. Такие варианты возникали в живой речи, когда имя произносили как «Афанас» (с твёрдым «с»), и от него образовывали отчество на -ов/-ев.

Этот процесс — стяжение и опрощение — типичен для русских фамилий, возникших в крестьянской и мещанской среде, где письменная фиксация не всегда следовала церковному произношению. Афанасев — не опечатка, а исторически сложившийся вариант, который фиксировался в метрических книгах и ревизских сказках XIX века. По той же модели образованы фамилии Тимофеев (от Тимофей) и Дорофеев (от Дорофей), но там усечение встречается реже.

Географически фамилия Афанасев чаще встречается в центральных и южных регионах России, а также на Украине и в Беларуси, где в устной речи имя Афанасий нередко сокращалось до «Афанас». Сравните с фамилией Афанасов — она образована от той же усечённой основы, но с суффиксом -ов после твёрдого «с». Афанасев — более редкий вариант, указывающий на мягкое произношение корня, но без йота.

В дореволюционных документах можно встретить написание «Афанасѣвъ» (с буквой «ять» в окончании), что не меняет этимологии. Сегодня фамилия не входит в число самых распространённых, но её носители есть в разных регионах. Основная версия происхождения — отчество от разговорной формы имени, что прямо указывает на имя отца или основателя рода.