Фамилия Афаньков — редкий пример того, как разговорная народная форма церковного имени закрепилась в официальной фамилии. В её основе лежит имя Афанасий (в переводе с греческого «бессмертный»). В бытовой речи имя часто сокращали: Афоня, Афона, Афаня. От последнего варианта и образовалась фамилия: Афанька — так в семье могли звать человека по имени Афанасий, а затем его потомки стали Афаньковыми.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Афаньков, то есть сын или внук Афаньки. Эта модель самая распространённая в русских фамилиях, но в паре с редкой основой (Афаньк-, а не привычное Афоньк-) она выделяет фамилию среди однокоренных. Сравните: Афоньков, Афонин, Афанасьев — все они восходят к тому же имени, но через разные ступени народной переделки.

В письменных источниках фамилия встречается с XVII века. В Переписной книге Воронежского уезда 1646 года упомянут «Ивашко Афаньков» — крестьянин, живший в селе Старая Ведуга. Эта запись показывает, что фамилия бытовала в чернозёмной полосе России, в среде служилых и крестьянских семей. Других документов по ранним носителям немного, что говорит о локальном распространении фамилии.

Сегодня Афаньковы встречаются в основном в центральной России и Поволжье. Фамилия не получила дворянского статуса и не попала в родословные книги — её носители чаще всего были крестьянами или мещанами. Но в этом и её ценность: она сохранила живую, не книжную форму имени, которую в быту использовали предки.