Фамилия Афоньков — наглядный пример того, как церковное имя превратилось в обиходное прозвище, а затем закрепилось в качестве родового. В её основе лежит имя Афонька — уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Афанасий. Греческое «афанатос» означает «бессмертный», но сама фамилия к высокому смыслу первоисточника уже не отсылает: она рассказывает не о качестве, а о родстве. Модель на -ов — классическая патронимическая, буквально «сын Афоньки» или «потомок Афоньки».

Афанасий на Руси был настолько распространён, что его производных образовалось множество: Афоня, Афонька, Афоша, Фоня. Но Афоньков стоит особняком. Если сравнить его с однокоренными фамилиями, видна чёткая иерархия: Афанасьев — от полного церковного имени, Афонин — от основы Афоня, а Афоньков — от самой «домашней», просторечной формы с суффиксом -к-. Именно этот суффикс придавал имени оттенок фамильярности или ласкательности. Такие фамилии чаще возникали в среде, где отца в документах записывали не полным именем, а так, как его звали в деревне.

Интересно, что в народной речи имя Афанасий часто теряло начальный слог «А», превращаясь в Фона, Фонька (отсюда Фоньков). Форма Афонька, напротив, сохранила начальный гласный, что делает её более архаичной. В документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Афонька — это говорит о демократичном происхождении фамилии. Её носителями были, скорее всего, не бояре, а крестьяне, ремесленники или служилые люди «по прибору».

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, особенно часто — к Воронежской, Курской и Ростовской областям. Это объясняется тем, что имя Афанасий было распространено именно в чернозёмной полосе, где оседали переселенцы из Московского государства. Вариант Афонкин (с суффиксом -ин) встречается гораздо реже и в основном на севере и северо-западе.

Словообразовательно Афоньков стоит на самой нижней ступени «уменьшительности» среди однокоренных фамилий. Это не прямой патроним от полного имени, а от его бытового, «домашнего» варианта. Этимология прозрачна и не требует сложных разысканий: предок нынешних Афоньковых был просто Афонькой — Афанасием, которого в семье называли ласково или по-свойски.