Фамилия Афоньков происходит от имени или прозвища Афонька, а оно, в свою очередь, — уменьшительная форма крестильного имени Афанасий (от греческого «афанатос» — бессмертный). На Руси имя было чрезвычайно популярно, поэтому его производных образовалось множество: Афоня, Афонька, Афоша, Фоня. Фамилия Афоньков — это классический пример «патронимической» модели на -ов, которая буквально означает «сын Афоньки» или «потомок Афоньки».

Интересно, что фамилия эта — не просто «сын Афанасия», а именно от просторечной, обиходной формы. В народной среде имя Афанасий часто редуцировалось: теряло начальный слог «А» и превращалось в Фона, Фонька (отсюда Фоньков), но форма Афонька сохранила начальный гласный и характерный суффикс -к-, который придаёт имени оттенок фамильярности или ласкательности. В документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Афонька, что говорит о демократичном происхождении фамилии: её носителями были, скорее всего, не бояре, а крестьяне, ремесленники или служилые люди «по прибору».

Географически фамилия Афоньков тяготеет к центральным и южным регионам России, особенно часто встречается в Воронежской, Курской, Ростовской областях. Это объясняется тем, что имя Афанасий было распространено именно в чернозёмной полосе, где оседали переселенцы из Московского государства. Встречается также вариант Афонкин (с суффиксом -ин), но он гораздо реже — в основном на севере и северо-западе.

С точки зрения словообразования, фамилия Афоньков — яркий пример того, как церковное календарное имя «обросло» народными формами, которые потом закрепились в фамилиях. Если сравнить её с однокоренными Афанасьев, Афонин, Афонский, то Афоньков стоит на самой нижней ступени «уменьшительности»: это не прямой патроним от полного имени (как Афанасьев), а от его бытового, «домашнего» варианта. Такие фамилии чаще всего возникали в среде, где фамилии давались по отцу, но отца в документах могли записать не полным именем, а тем, как его звали в деревне.

В целом, фамилия Афоньков — обычная, «рабочая» русская фамилия, без аристократического блеска, но с чёткой и прозрачной этимологией: предок нынешних Афоньковых был просто Афонькой, то есть Афанасием, которого в семье называли ласково или по-свойски.