Фамилия Афонькин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Афонькин послужило церковное имя Афанасий. Фамилия Афонькин восходит к крестильному мужскому имени Афанасий (в переводе с греческого – «бессмертие»), точнее к его просторечной форме Афонька. Оно вошло в православный именник в память о преподобном мученике Афанасии, который был смотрителем темниц, но защищал православие, за что был сам посажен в темницу и замучен во имя Господа. Нельзя исключить также, что этимология фамилии Афонин связана с горой Афон, где находится известный монастырь. Вход женщинам туда строго воспрещен. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афонька, со временем получил фамилию Афонькин. О точном месте и времени возникновения фамилии Афонькин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Афонькин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.