Фамилия Афошкины — один из многих примеров того, как в русских фамилиях закрепились народные, обиходные формы крестильных имён. В основе фамилии лежит имя Афошка — уменьшительно-ласкательный вариант от канонического мужского имени Афанасий. С древнегреческого это имя переводится как «бессмертие». В святцах известен святой Афанасий, скончавшийся около 814 года, но к фамилии конкретный святой имеет лишь косвенное отношение: имя было широко распространено, а его разговорные варианты — Афоня, Афонька, Афоша — дали начало десяткам фамилий.

Есть и другие версии происхождения основы. Имя Афошка могло быть краткой формой от Агафон (в переводе с древнегреческого «благо, добро») или от редкого имени Афоний («щедрый, богатый»). Это не противоречит словообразовательной модели: в народной среде разные имена с похожим звучанием легко смешивались и давали одинаковые прозвища. Из трёх вариантов самым вероятным остаётся Афанасий — именно это имя дало наибольшее количество производных форм, закрепившихся в фамилиях (Афонин, Афонькин, Афанасьев).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Афошкин — значит «сын Афошки» или «из семьи Афошки». Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где преобладали фамилии на -ин от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В южных и восточных областях чаще встречалась бы форма Афошков, так что по суффиксу можно предположить, что корни фамилии — в старых русских землях, где оканье и аканье ещё не стёрли разницу между суффиксами.

Точное место и время возникновения фамилии Афошкины сейчас установить сложно: процесс закрепления фамилий в разных сословиях и регионах растянулся на несколько столетий. Однако ясно, что фамилия эта — не дворянская и не искусственная, а крестьянская или посадская, возникшая естественным путём в среде, где человека называли по отцу, а то прозвище со временем стало наследственным.