Фамилия Афонкин — из числа тех, что образованы от разговорной, народной формы имени. В основе лежит имя Афонка, которое в старину было обиходным вариантом крестильного имени Афанасий (в переводе с греческого — «бессмертный»). В русской традиции Афанасий превращался в Афоню, Афонку, Афоньку — так звали человека в семье, в кругу соседей, в документах. От этой уменьшительной формы с помощью патронимического суффикса -ин и появилась фамилия Афонкин: буквально «чей?» — Афонкин, то есть сын или потомок Афонки.

Суффикс -ин, а не более распространённый -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на -а, -я. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён с уменьшительными суффиксами: Петя — Петин, Ваня — Ванин, Афоня — Афонкин. Такая модель особенно характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Интересно, что фамилия Афонкин не имеет никакого отношения к горе Афон или монашеству, хотя внешнее сходство может ввести в заблуждение. Это чисто русское образование от имени, и её носители — потомки простых людей, крестьян или посадских, которых в быту звали Афонками. В дореволюционных переписях и метрических книгах Афонкины встречаются в Тверской, Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях — именно там имя Афанасий было особенно популярно.

Встречаются и варианты написания: Афонкин и Афонькин. Вторая форма — с мягким знаком — точнее передаёт произношение исходного имени (Афонька), но на письме часто путались, и в документах фамилия могла закрепиться в твёрдом варианте. Оба написания — одна и та же фамилия по происхождению.