Фамилия Афонкин — из числа тех, что образованы от разговорной, народной формы имени. В основе лежит имя Афонка, которое в старину было обиходным вариантом крестильного имени Афанасий (в переводе с греческого — «бессмертный»). В русской традиции Афанасий превращался в Афоню, Афонку, Афоньку — так звали человека в семье, в кругу соседей, в документах. От этой уменьшительной формы с помощью патронимического суффикса -ин и появилась фамилия Афонкин: буквально «чей?» — Афонкин, то есть сын или потомок Афонки.

Суффикс -ин, а не более распространённый -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на -а, -я. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён с уменьшительными суффиксами: Петя — Петин, Ваня — Ванин, Афоня — Афонкин. Такая модель особенно характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Интересно, что фамилия Афонкин не имеет никакого отношения к горе Афон или монашеству, хотя внешнее сходство может ввести в заблуждение. Это чисто русское образование от имени, и её носители — потомки простых людей, крестьян или посадских, которых в быту звали Афонками. В дореволюционных переписях и метрических книгах Афонкины встречаются в Тверской, Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях — именно там имя Афанасий было особенно популярно.

Встречаются и варианты написания: Афонкин и Афонькин. Вторая форма — с мягким знаком — точнее передаёт произношение исходного имени (Афонька), но на письме часто путались, и в документах фамилия могла закрепиться в твёрдом варианте. Оба написания — одна и та же фамилия по происхождению.

Если копнуть глубже, то имя Афанасий в русских деревнях давали часто: по святцам оно выпадало несколько раз в году, особенно в январе и мае. Отсюда и густая сеть производных фамилий — Афанасьев, Афонский, Афонин, Афонькин. Афонкин среди них стоит особняком из-за суффикса -к-, который в уменьшительных именах мог придавать оттенок фамильярности или просто бытовой привычности. В писцовых книгах XVI–XVII веков крестьяне с таким именем нередко записывались просто как «Афонка», без фамилии вовсе, а фамилия закрепилась уже у их потомков, когда в XVIII–XIX веках государство начало массово фиксировать роды.

Ещё одна деталь: в некоторых говорах, особенно в северных, имя Афанасий произносили с ударением на второй слог — Афóнасий, и уменьшительное звучало как «Афóня». Это могло влиять на местное произношение фамилии, но на письме форма Афонкин оставалась устойчивой. Так что, если вы носите эту фамилию, ваши предки почти наверняка были из среды, где имя Афанасий было обычным, как Иван или Пётр, и никакой связи с монастырскими делами у них нет.