Фамилия Афонткин — один из тех случаев, когда за внешне простой формой скрывается неочевидная основа. На первый взгляд, перед нами типичная фамилия на -ин, образованная от имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я. Но если присмотреться к корню, сразу возникает вопрос: «Афонтка» — это что или кто?

Самая вероятная версия ведёт к уменьшительной форме крестильного имени Афанасий. В народной речи это имя звучало как Афоня, Афонка, а далее, с помощью суффикса субъективной оценки -тк-, появилось ласкательное Афонтка. То есть Афонтка — это «маленький Афоня» или, возможно, «сын Афони». Фамилия Афонткин, таким образом, означает «чей?» — сын, потомок или человек из рода Афонтки. Такая модель с суффиксом -тк- в основе встречается реже, чем обычные Афонин или Афанасьев, что делает фамилию более локальной и специфической.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает корень с диалектным словом «афонька» — так в некоторых говорах называли нерасторопного, простоватого человека. В этом случае прозвище Афонтка (с тем же уменьшительным суффиксом) могло закрепиться за человеком с определённым характером, а фамилия перешла по наследству.

Географически фамилия Афонткин тяготеет к центральным и южнорусским областям, где имя Афанасий было особенно популярно. Встречается она нечасто, что говорит о её происхождении из конкретной семьи или небольшой местности, где прозвище дали одному роду. Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу, а не к целому роду (как было бы с -ов), что типично для прозвищ и имён на -а.

В ономастических справочниках эта фамилия не описана столь же подробно, как массовые, но её разбор однозначно укладывается в рамки работ Б. Унбегауна по русским фамилиям: основа — личное имя или прозвище в уменьшительной форме, суффикс — стандартный притяжательный -ин. Споров между версиями нет: имя Афанасий как источник намного вероятнее, чем редкое диалектное слово, но полностью исключать вторую возможность нельзя.