Фамилия Афонякин — яркий пример того, как просторечная форма церковного имени закрепилась в родовом прозвище. В её основе лежит имя Афоняка, а оно, в свою очередь, образовано от канонического мужского имени Афанасий. С древнегреческого «афанатос» переводится как «бессмертный» — эпитет, который в христианской традиции относился к воскресшему Христу и святым. Однако не всё так однозначно: ономасты допускают, что Афоняка могло быть уменьшительной или производной формой не только от Афанасия, но и от имени Агафон (от греческого «агатос» — «благо, добро») или от редкого имени Афоний (в переводе — «щедрый, богатый»). Такая многозначность характерна для народных вариантов, где разные имена стягивались в похожие звуковые комплексы.

Сама модель фамилии — на -ин — указывает на принадлежность: Афонякин буквально означает «сын Афоняки» или «потомок Афоняки». Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно присоединялся к основам на -а/-я, что и произошло в этом случае. Если бы основой было имя Афоня, фамилия звучала бы как Афонькин — но наличие суффикса -як- в прозвище Афоняка придаёт ему оттенок просторечной ласкательности или, наоборот, фамильярности, как в словах «братяка», «дружняка».

В сословном плане фамилия Афонякин, скорее всего, возникла в крестьянской или посадской среде: в дворянской среде предпочитали более книжные формы вроде Афанасьев. Географически она встречается в центральных и северных регионах России, где имя Афанасий было особенно популярно. Интересно, что в некоторых говорах «афоня» могло быть и прозвищем, данным за рассеянность или мечтательность (от глагола «афонить» — терять, ронять), но эта версия менее вероятна, чем прямая связь с крестильным именем.