Фамилия Афоняев — из тех, что хранят в себе уменьшительное имя, почти домашнее. В её основе лежит просторечная форма Афоня от канонического крестильного имени Афанасий. Греческое Αθανάσιος означает «бессмертный», имя было очень распространено на Руси, давая десятки производных форм: Афоня, Афонька, Афоняй, Афоняха. Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ев, присоединённым к основе на мягкий согласный. Если бы в основе был твёрдый согласный, мы бы имели вариант Афонёв, но здесь именно Афоняев, что указывает на форму Афоняй или Афоней.

Разберём словообразовательный механизм. Суффикс -яй в имени Афоняй — нечастый гость в русской антропонимии. Он мог появиться под влиянием других имён (например, Андрей → Андряй) или как результат переоформления, когда окончание -я просто нарастили для благозвучия. В любом случае, фамилия фиксирует не официальное, а бытовое, домашнее прозвище человека. Первым носителем фамилии, скорее всего, был сын или внук человека по прозвищу Афоняй — так на Руси называли того, кого в семье звали ласково, но уже не как ребёнка.

По географии фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России. Встречается в документах XVII–XVIII веков, когда фамилии только начинали закрепляться за крестьянскими и посадскими родами. Дворянских ветвей с такой фамилией почти нет — это фамилия простого сословия, что подтверждается её «домашним» корнем. Сравните с однокоренными Афанасьев (от полной формы имени) и Афонин (от Афоня) — Афоняев стоит особняком, сохраняя редкий суффикс.

Важно не путать её с Афоньев или Афонев — там основа могла быть от Афоней или Афон, а здесь именно через -яй. Если ваши предки носили эту фамилию, вы, скорее всего, происходите из крестьянского рода, где имя Афанасий было в ходу, а домашнее прозвище Афоняй закрепилось за основателем фамилии настолько прочно, что перешло в официальный документ. Никакой тайны или загадки — просто живое имя, которое обросло суффиксом и стало фамилией.