Фамилия Афоняшин — классический пример того, как полное церковное имя превращалось в бытовое прозвище, а затем закреплялось в качестве родового имени. В её основе лежит имя Афанасий (с греческого — «бессмертный»), которое в русской народной среде дало множество уменьшительных форм. Одна из них — Афоняша. Суффикс -ша здесь не женский, а уменьшительный, характерный для разговорной речи: так же образованы Гриша (от Григорий), Миша (от Михаил) или Федяша (от Фёдор). Фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: Афоняшин буквально значит «сын Афоняши», то есть потомок человека, которого в быту называли именно так.

По модели образования это типичная русская фамилия, и её носители в большинстве своём происходили из крестьянской или мещанской среды. Фамилии такого типа закреплялись по отчеству в XV–XVII веках, но массово фиксировались уже в ходе подворных переписей XIX века, когда крестьян начали записывать по отчествам официально.

География фамилии довольно широкая, но наиболее часто Афоняшины встречаются в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях. В этих регионах имя Афанасий было особенно популярно, а местные говоры легко преобразовывали его в «Афоня». Встречаются и варианты написания с одной «ш» — Афонясин, но это уже другая, хотя и близкая, фамилия.

Спорных версий происхождения у фамилии практически нет. Соблазнительно было бы связать её с греческим «афон» (святой, безмолвный) или с названием горы Афон, но лингвистически это неоправданно: суффикс -яша однозначно отсылает к русской уменьшительной форме, а не к заимствованию. Основная и единственно убедительная версия — от имени Афанасий через форму Афоняша. С точки зрения социального контекста, фамилия не несёт следов дворянского происхождения: в списках служилых людей и купеческих гильдий она почти не упоминается, что подтверждает её «народный» характер.