Фамилия Афонясьев — редкий вариант написания более привычной фамилии Афанасьев. В основе лежит крестильное имя Афанасий (греч. Athanasios — «бессмертный»). Разница в написании — «о» вместо «а» в первом слоге — следствие аканья: в говорах, где безударное «а» произносится как «о» (северные и часть среднерусских), имя на письме могли закрепить в форме Афоня или Офоня. Отсюда и фамилия Афонясьев, где суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Афонясьев, то есть сын или потомок Афоняси.

Интересно, что вторая «я» в корне вместо «а» (Афонясьев вместо Афонасьев) — тоже диалектная черта. В ряде говоров имя Афанасий произносили с мягким «с» — Афанясий, а уменьшительная форма звучала как Афоняся. Так фамилия зафиксировала не только имя, но и конкретное произношение предка.

По модели образования фамилия типична для русских крестьянских и мещанских родов: простое имя + суффикс принадлежности. В отличие от дворянских фамилий, которые часто заканчивались на -ский, Афонясьев — однозначно фамилия по отцу, без географической или сословной привязки. Встречается она редко, в основном в документах XIX — начала XX века по северным и центральным губерниям России, где аканье не было последовательным. Сегодня носители фамилии живут в основном в России и странах бывшего СССР, но точной статистики по ней нет — в современных справочниках её часто путают с Афанасьевым или исправляют как ошибку.