Фамилия Афонякина образована от имени Афоняка, которое восходит к каноническому мужскому имени Афанасий, означающему в переводе с древнегреческого «бессмертие». Не исключено и то, что именование Афоняка могло быть краткой формой имен Агафон (в переводе с древнегреческого «благо, добро») и Афоний (в переводе с древнегреческого «щедрый; богатый»). Вероятно, основатель рода Афонякиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афоняка, со временем получил фамилию Афонякин.