Фамилия Афонякина принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от уменьшительных форм крестильных имён. В её основе лежит имя Афоняка — ласкательный вариант канонического мужского имени Афанасий, которое в переводе с древнегреческого означает «бессмертие». Такие сокращённые имена в быту были обычны среди простых сословий: полное имя использовали в церковных записях, а в повседневной речи — его производные.

Однако у имени Афоняка могло быть и другое происхождение. Оно могло быть краткой формой от имени Агафон (др.-греч. «благо, добро») или Афоний (др.-греч. «щедрый; богатый»). Оба этих имени тоже входили в святцы, хотя встречались реже, чем Афанасий. Поэтому при разборе фамилии лингвисты обычно отдают предпочтение версии с Афанасием — как наиболее массовому источнику уменьшительных форм на -яка.

Суффикс -ин в окончании фамилии указывает на принадлежность: Афонякин буквально значит «сын Афоняки». Такая модель (основа на -а/-я плюс суффикс -ин) типична для северных и центральных областей России. Географически фамилия Афонякина чаще всего встречается в Поволжье и на Урале — в зонах позднего заселения, куда крестьяне приносили свои родовые прозвания.

Что касается социального статуса, то основатель рода, носивший имя Афоняка, скорее всего, принадлежал к крестьянскому или посадскому сословию. Дворянские фамилии обычно образовывались от полных имён или от прозвищ с книжными суффиксами (-ский, -ов), а уменьшительная форма на -яка — признак народной, бытовой традиции. Таким образом, фамилия Афонякина — не просто память о предке, а живое свидетельство того, как в русских семьях переиначивали громкие церковные имена на свой лад.