Фамилия Афонькина восходит к крестильному мужскому имени Афанасий, которое в переводе с греческого языка означает «бессмертие». В основе данной фамилии лежит производная форма этого имени - Афонька. Оно вошло в православный именник в память о преподобном мученике Афанасии, который был смотрителем темниц, но защищал православие, за что был сам посажен в темницу. Скорее всего, основатель рода Афонькиных был человеком из простого сословия. Нельзя исключить также, что этимология фамилии Афонькин связана с горой Афон, где находится известный монастырь. Вход женщинам туда строго воспрещен. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афонька, со временем получил фамилию Афонькина.