Фамилия Афоньшина — это женская форма фамилии Афоньшин. В её основе лежит имя Афоньша, которое в народной русской традиции было одной из обиходных, уменьшительных форм сразу нескольких крестильных имён. Главное из них — Афанасий, в переводе с древнегреческого означающее «бессмертие». Однако Афоньшей могли называть и носителей имён Агафон («благо, добро») и довольно редкого Афоний («щедрый; богатый»). Такая многозначность — не редкость для просторечных форм: ухо выхватывало общий звуковой костяк, и одно прозвище обслуживало несколько имён.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. В старом русском быту вопрос «Чей ты?» подразумевал ответ вроде «Афоньшин сын» или «Афоньшина дочь». Со временем притяжательное прилагательное закрепилось как наследственная фамилия. Суффикс -ш- в основе (Афоньша) характерен для северных и центральных говоров, где так образовывали ласкательно-фамильярные варианты имён: Тимоша, Яроша, Афоньша.

Социальный контекст тоже читается. Фамилии на -ин чаще всего возникали в среде крестьян и посадских людей, а не у знати. Вероятнее всего, основатель рода Афоньшиных был человеком из простого сословия — крестьянином, ремесленником или служилым человеком «по прибору». Дворянские роды с такой фамилией в исторических источниках не прослеживаются, что косвенно подтверждает её народное, «низовое» происхождение.

Географически фамилия Афоньшина (и Афоньшин) тяготеет к северо-востоку России: она встречается в Вологодской, Кировской областях, в Пермском крае и в Поволжье. В этих регионах имя Афанасий было особенно популярно, а местные говоры охотно укорачивали полные имена до форм на -ша. Таким образом, потомок человека по имени Афоньша со временем получил фамилию Афоньшин, а его наследницы — Афоньшина.