Фамилия Афоньшина образована от имени Афоньша, которое восходит к каноническому мужскому имени Афанасий, означающему в переводе с древнегреческого «бессмертие». Не исключено и то, что именование Афоньша могло быть краткой формой имен Агафон (в переводе с древнегреческого «благо, добро») и Афоний (в переводе с древнегреческого «щедрый; богатый»). Вероятно, основатель рода Афоньшиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афоньша, со временем получил фамилию Афоньшин.