Фамилия Афоньшины образована от имени Афоньша — это не просто уменьшительная форма, а разговорный вариант, который в быту полностью заменял полное имя. В основе лежит каноническое мужское имя Афанасий, что в переводе с древнегреческого означает «бессмертие». Однако, как и многие народные формы, Афоньша могло быть сокращением не от одного, а от нескольких имён. Вторая возможная основа — Агафон («благо, добро») или редкое имя Афоний («щедрый; богатый»). В живой речи эти имена звучали похоже, поэтому граница между ними стёрлась, и Афоньша стал универсальным прозвищем для носителей разных имён.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Афоньшин, то есть сын или потомок Афоньши. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на юге и востоке, Афоньшин — яркий пример именно севернорусской ономастической традиции.

Точное время и место возникновения фамилии установить сложно. Процесс закрепления фамилий в крестьянской среде растянулся на несколько столетий: где-то Афоньшины могли получить фамилию уже в XVI веке, а где-то — только после отмены крепостного права в 1861 году. Но сама основа — имя Афоньша — встречается в документах гораздо раньше, уже в XV–XVI веках, в писцовых книгах и переписях.

Фамилия Афоньшин — образец того, как народная речь перерабатывала церковные имена, превращая их в узнаваемые родовые прозвания. В ней сохранился звук живой русской повседневности, а не книжной традиции.