Фамилия Афонькин — из тех, что произошли напрямую от имени в его бытовой, нецерковной форме. В основе лежит имя Афанасий (с греческого — «бессмертие»), а точнее его просторечный вариант Афонька. Такая модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Афонькин, то есть сын или потомок Афоньки). Связь с каноническим именем подтверждается и православной традицией: имя Афанасий носил преподобный мученик Афанасий, смотритель темниц, пострадавший за веру.

Менее очевидная, но возможная версия отсылает к горе Афон в Греции, где расположен знаменитый монастырь. Эта версия скорее народная: слишком маловероятно, чтобы крестьянина или горожанина в России прозвали по географическому названию, не связанному с его жизнью напрямую. Поэтому основная гипотеза — именно от имени Афонька, уменьшительной формы Афанасия.

В словообразовательном плане фамилия прозрачна: корень Афоньк- и суффикс -ин. Встречается она преимущественно в центральных и северных регионах России, где была распространена форма Афоня, Афонька. Стоит отличать Афонькина от фамилии Афонин, которая образована от той же основы, но с другим суффиксальным вариантом.

Социальный состав носителей фамилии был разнородным: в переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются как крестьяне, так и служилые люди. Никакой особой сословной исключительности у фамилии нет — это типичная «отчество» по имени, каких тысячи.

Поскольку фамилия образована от просторечной формы, она несёт отпечаток живой речи: Афонька — не книжное, а разговорное имя, которое давали в быту. Таким образом, Афонькины — потомки тех, кого в семье или деревне звали не полным именем, а по-свойски, сокращённо.