Фамилия Афонькин восходит к крестильному мужскому имени Афанасий (в переводе с греческого – «бессмертие»), точнее к его просторечной форме Афонька. Оно вошло в православный именник в память о преподобном мученике Афанасии, который был смотрителем темниц, но защищал православие, за что был сам посажен в темницу и замучен во имя Господа. Нельзя исключить также, что этимология фамилии Афонин связана с горой Афон, где находится известный монастырь. Вход женщинам туда строго воспрещен. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афонька, со временем получил фамилию Афонькин.