Фамилия Аганесова — это женская форма, а мужская — Аганесов. Её основа — армянское мужское имя Аганес, которое представляет собой фонетический вариант более известного имени Оганес. В переводе с армянского оно означает «огненный». Смысл имени напрямую связан с пожеланием: нарекая сына Оганесом или Аганесом, родители хотели, чтобы он рос энергичным, страстным и несгибаемым человеком.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе Аганес- добавился русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Аганеса). Затем появилось окончание -а, обозначающее женский род. Такая модель типична для фамилий, которые возникли в среде армян, живших на территории Российской империи или в тесном контакте с русской культурой. Армянское имя оформилось по русскому образцу, что и дало фамилию Аганесов (и Аганесова).

Интересно, что имя Оганес в самой Армении чаще становилось основой для фамилий с армянскими суффиксами -ян или -янц (Оганесян, Оганесянц). Вариант Аганесов — это результат адаптации: русская администрация или церковь фиксировали имя на слух, и «О» перешло в «А», а окончание заменили привычным -ов. Поэтому носители фамилии Аганесовы — это, скорее всего, потомки армян, которые жили в полиэтничной среде, возможно, на Северном Кавказе, в Закавказье или в южных губерниях России.

Точное место и время возникновения рода Аганесовых, как и у большинства фамилий, окончательно устанавливаются только через генеалогические исследования. Но общая картина ясна: фамилия несёт в себе огненную символику имени и след культурного пограничья, где армянская традиция встретилась с русской моделью фамилообразования.