Фамилия Аканеева, а также её мужская форма Аканеев, образована от тюркского имени Аканей. Основа здесь — «Акан», что в переводе с ряда тюркских языков означает «белый» или «чистый», а суффикс -ей — это ласкательный или уменьшительный аффикс. Имя Аканей, таким образом, можно понимать как «беленький» или «чистенький», и давали его, скорее всего, в качестве пожелания ребёнку светлой судьбы или как характеристику внешности. В русскую фамилию это имя перешло через модель с суффиксом -ев, который указывает на принадлежность: «Аканеев» буквально значило «сын Аканея».

Географически фамилия Аканеевы встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были татарами или башкирами, которые после крещения (или в процессе ассимиляции) получили фамилию по отцу. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется среди служилых татар и тептярей — сословия, которое несло пограничную службу и платило ясак.

Интересная особенность фамилии Аканеева — она могла возникнуть и как патроним от имени Аканей, и как прозвище от диалектного слова «аканей» (в некоторых говорах — «неповоротливый, медлительный человек»). Однако версия с тюркским именем выглядит убедительнее: она подтверждается ареалом распространения и типичной для региона моделью словообразования. Среди однокоренных фамилий — Аканеев, Акаев, Аканов — они все восходят к тому же корню «ак», но с разными суффиксами.

В целом, Аканеева — фамилия, которая несёт в себе следы межэтнических контактов на восточных окраинах России. Её носители — потомки людей, чьи имена и прозвища перешли в русскую фамильную систему через канцелярии и переписи.