Фамилия Аканеева, как и её мужской вариант Аканеев, ведёт происхождение от тюркского имени Аканей. В его основе лежит корень «Акан», который в ряде тюркских языков означает «белый» или «чистый». Ласкательный суффикс -ей превращает имя в «беленький» или «чистенький» — так могли назвать ребёнка со светлыми волосами или кожей, либо дать имя как пожелание чистой и счастливой судьбы. Русская фамильная модель с суффиксом -ев закрепила значение «сын Аканея».

География фамилии говорит сама за себя: Аканеевы сосредоточены в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Этот ареал указывает на тюркские корни предков. Скорее всего, они были татарами или башкирами, которые после крещения или в ходе ассимиляции получили фамилию по отцу. В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается среди служилых татар и тептярей — сословия, которое охраняло границы и платило ясак.

У фамилии есть и альтернативная версия происхождения: от диалектного слова «аканей», означавшего в некоторых говорах «неповоротливый, медлительный человек». Однако связь с тюркским именем убедительнее — её подтверждают и ареал, и типичная для региона модель словообразования. К тому же однокоренные фамилии — Аканеев, Акаев, Аканов — все восходят к тому же корню «ак» («белый»), но с разными суффиксами. Так что версия с прозвищем остаётся лишь маловероятным дополнением.

Фамилия Аканеева — живой след межэтнических контактов на восточных окраинах России. Её носители — потомки людей, чьи тюркские имена и прозвища попали в русскую фамильную систему через переписи и канцелярии.