Фамилия Аканин — редкий случай, когда морфология почти наверняка перевешивает географию. Она образована по простой и продуктивной модели: основа + суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?»). Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Аканя. Это уменьшительная форма от канонического имени Иоаким (в народном произношении — Аким, Яким). Уменьшительные имена с суффиксом -аня (Аканя, Ваня, Степаня) типичны для северных и центральных говоров, где -аня звучало естественнее, чем литературное -аша или -уша. Итак, Аканин — буквально «сын Акани», то есть потомок человека, которого в быту звали Аканей.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище Аканя от глагола «акать» (говорить с аканьем) или от диалектного «акать» в значении «кричать, аукать». В ономастических словарях такая основа не зафиксирована, но исключать её полностью нельзя: прозвища по манере речи давали охотно (сравните Шептунов, Крикунов). Однако имя Аким было настолько распространено в крестьянской среде, что версия с уменьшительным Иоакимом — Акимом — Аканей остаётся основной и наиболее логичной.

Фамилия встречается редко, её ядро — вероятно, центральные и северные регионы России (Вологодчина, Архангельская область, Костромская земля), где имя Аким было особенно популярно, а уменьшительные формы на -аня сохранялись дольше. В сословном отношении Аканины, скорее всего, крестьяне или посадские люди: фамилии на -ин от уменьшительных имён — массовая модель именно в низших сословиях, у дворян такие формы почти не встречались.

В написании фамилии нет вариантов — она однозначно читается и пишется, не путается с Аканьиным или Оканиным. Если искать однокоренные, то Аканин стоит в одном ряду с Акатовым, Акаевым, Акашевым — все они восходят к разным формам того же имени Аким.