Фамилия Аканихин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не прозвище, а, скорее всего, географическое название, причём с неочевидной этимологией. Если отбросить суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся корень «Аканих-». В русской ономастике такая модель встречается у фамилий, образованных от названий сёл или деревень с типичным окончанием на -иха: например, Аканиха. Житель такого села получал прозвище Аканихин, то есть «тот, кто из Аканихи», а затем это прозвище закреплялось за потомками как фамилия.

Сам топоним Аканиха мог возникнуть от прозвища или имени Акан. В диалектах русского языка слово «акать» известно в значении «говорить на акающем наречии», но напрямую связывать с ним фамилию рискованно: прозвище Акан скорее дали бы человеку с заметным акающим говором, а не целой деревне. Правдоподобнее версия, что в основе лежит уменьшительная форма от канонического имени Акакий (в просторечии — Акан). Акакий — имя греческого происхождения, означающее «незлобивый», «не делающий зла». В русской среде оно не было редким, особенно в духовенстве, и давало множество производных: Аканя, Акаша, Акан. Тогда Аканиха — это жена или вдова Акана, а Аканихин — соответственно, её сын или потомок.

География фамилии подсказывает, что её корни — в северных и центральных губерниях России, где особенно распространены названия на -иха. Встречается она в Вологодской, Архангельской и Костромской областях, а также в Поволжье. Поскольку суффикс -их- в русских фамилиях чаще указывает на принадлежность к роду или местности, а не на прямое отчество, версия с деревней Аканиха выглядит более обоснованной, чем прямая связь с именем Акакий. В пользу этого говорит и то, что фамилии на -ихин (например, Аканихин, Скорняков) нередко возникали в среде крестьян, которые получали прозвище по месту жительства, а не по отцу.

Таким образом, предок носителя фамилии Аканихин с высокой вероятностью был крестьянином из деревни с названием Аканиха, а сама эта деревня могла быть названа либо по имени первого поселенца Акана (производного от Акакия), либо по местной особенности говора. Фамилия сохранила в себе память о малой родине, которую уже не найти на современных картах.