Фамилия Абоянец — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка можно определить по окончанию. Суффикс -ец в русских фамилиях чаще всего указывает на выходца из определённой местности: «откуда человек» (москвич, тверитянин, рязанец). Аналогично устроены фамилии Тамбовцев, Перминов (от «пермяк» через форму «пермич»), Козловец.

Основа «Абоян» отсылает к топониму Абоя (или Абойя). Это название села в Курской области (Абоянь, ныне — Боянка?). В исторических документах встречаются варианты «Абоянь», «Обоянь». Отсюда и прозвище «абоянец» — житель или уроженец села Абоя. Со временем прозвище закрепилось как фамилия.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с гидронимом (названием реки). В бассейне Дона есть речка Абоя (приток Оскола). Человека, жившего на её берегах, тоже могли прозвать «абоянец».

В пользу курско-орловского происхождения говорит и то, что фамилия Абоянец встречается в основном в Центральной России и на юге, а не, скажем, в Сибири или на Урале. Это не дворянская фамилия — скорее всего, её носили крестьяне или однодворцы (государственные крестьяне, нёсшие пограничную службу) из Курской губернии.

Словообразовательная модель проста: топоним Абоя + суффикс -ец (житель) + фамильный суффикс нулевой (Абоянец — «сын абоянца»). Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Абоя́нец. Встречается также вариант написания через «О» — Обоянец, что подтверждает связь с историческим названием Обоянь.