Фамилия Абоянцева происходит от прозвища Абоянец. В его основе лежит топоним Обоянь — название города в Курской области. Основатель рода, скорее всего, был уроженцем этого города. Обоянь основали в 1639 году как крепость на южных рубежах России, в устье реки Боянь (старорусское название Обоянки), на высоком правом берегу реки Псёл.

Сначала река, вероятно, называлась Баянь — от татаро-монгольского bajan («богатый»). Позже к названию добавилась русская приставка о- со значением «вокруг, около». Так образовалось название Обоянь, которое осмыслили как «река, текущая по богатой местности».

Прозвище Абоянец давали человеку, который переселился из Обояни. Приставка а- в начале слова — типичное для русских говоров явление: в разговорной речи перед словом, начинающимся с гласной, нередко появлялся дополнительный звук для удобства произношения (ср. «аржаной» вместо «ржаной»). Фамилию образовали с помощью патронимического суффикса -ев: сначала Абоянцев, а в женском роде — Абоянцева. Потомок человека по прозвищу Абоянец со временем и получил эту фамилию.

Фамилия редкая, её география почти наверняка связана с Курской областью и соседними землями, откуда выходцы из Обояни расходились по стране.