Фамилия Абуджанян — типичный пример армянской родовой фамилии, образованной по модели, где к основе добавляется суффикс «-ян» (или его вариант «-янц»). Этот суффикс в армянском языке указывает на принадлежность к роду или клану, отвечая на вопрос «из кого?» — то есть «из рода такого-то». В самой Армении такие фамилии называют «азганун» — дословно «имя клана».

Основа фамилии — мужское имя Абуджан. В переводе с армянского оно означает «возвышенная душа». Слово «абуд» (или «абух») в армянском языке несёт значение высоты, возвышенности, а «джан» — душа, жизнь, родной человек (знакомый многим по обращениям «джан», «джанн»). Вероятно, нарекая ребёнка именем Абуджан, родители желали, чтобы их сын рос добрым, милым, честным и справедливым мальчиком — с чистой и высокой душой. Имя это неканоническое, то есть не встречается в церковных святцах, что говорит о его народном, бытовом происхождении.

Фамилия Абуджанян, как и многие армянские фамилии на «-ян», закрепилась в XIX веке, когда в Закавказье начали массово фиксировать фамилии для целей налогообложения и воинского учёта. До этого армяне чаще обходились именем с указанием отчества или прозвища. Суффикс «-ян» (в западноармянском диалекте — «-янц») стал универсальным родовым маркером, вытеснив более старые формы на «-унц» и «-енц».

В русском языке фамилия пишется через «у» после «А» — Абуджанян, хотя в оригинале возможны колебания из-за передачи армянской фонетики. Встречаются варианты написания Абуджанянц, Абуджанян, а также Абуджан (без суффикса) — последнее могло закрепиться как самостоятельная фамилия у потомков, утративших родовой показатель. Географически фамилия тяготеет к регионам исторической Западной Армении и восточным областям современной Армении, хотя точных статистических данных по распространению нет.

С точки зрения словообразовательной модели, Абуджанян — фамилия прозвищно-именного типа, где суффикс «-ян» присоединён к полному имени, а не к усечённой основе. Это отличает её от фамилий, образованных от профессий (например, Варданян — от «вардан»), местности или внешних признаков. Редкость основы — имени Абуджан — делает фамилию относительно малочисленной и нечастотной даже на фоне других армянских фамилий.