Фамилия Аеткуллов имеет тюркское происхождение, её основа — мужское личное имя Аеткул (варианты — Айеткул, Аиткул). Оно составное: первая часть восходит к арабскому «ает» (или «айет») — «знамение», «чудо», «стих Корана», вторая — к тюркскому «кул» — «раб», «слуга». В сумме имя означает «раб (божий) знамения» или «слуга чуда» — типичная для исламского именника формула смирения и религиозной преданности.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: Аеткуллов буквально значит «сын Аеткула» или «принадлежащий Аеткулу». Так оформляли фамилии у татар, башкир, казахов и других тюркских народов в Российской империи при переходе к паспортной системе в XIX веке. Более ранняя форма фамилии могла звучать как Аеткуллин (с тюркским притяжательным аффиксом -ин), но в документах закрепился русифицированный вариант.

Географически фамилия редкая и сосредоточена в Поволжье и Приуралье — в Башкортостане, Татарстане и Оренбургской области. Именно там были распространены составные имена с компонентом «кул» (Кулмухамет, Кулбай, Аиткул). Носители фамилии, скорее всего, потомки башкир или татар-мишарей, которые несли военную или ясачную службу и в XIX веке получили фамилию по имени отца.

Встречается написание «Аиткуллов» — через «и» в первом слоге. Это не ошибка, а отражение диалектного произношения: в татарском и башкирском языках звук на стыке арабского «айет» мог редуцироваться до «айт» или «аит». Оба варианта этимологически верны, но в паспортах и архивах чаще фиксируется форма с «е».

Сведений о дворянском происхождении Аеткулловых нет — фамилия типично крестьянская и казачья. Встречается среди оренбургских казаков, где тюркские имена нередко адаптировали под русскую фамильную модель.