Фамилия Аеткулова — женская форма фамилии Аеткулов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — имя или прозвище Аеткул. Это составное тюркское имя, распространённое у башкир, татар и других народов Поволжья и Урала. Первая часть «Ает» восходит к арабскому «ает» (знак, чудо, знамение), которое через исламскую традицию вошло в тюркские имена. Вторая часть — «кул» (раб, слуга). В целом имя Аеткул означает «раб (или слуга) знамения» — типичная для мусульманского мира модель, где «кул» указывает на преданность Богу или его атрибуту.

Суффикс -ов в фамилии Аеткулов — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Аеткула». Такие фамилии у тюркских народов часто возникали при переходе к русской системе документирования в XVIII–XIX веках, когда крестьян и военнослужащих записывали по отцу. Фамилия Аеткулова, соответственно, означает «дочь или жена Аеткула», хотя в современном быту это просто родовое имя.

Географически фамилия Аеткулова чаще всего встречается в Башкортостане, Челябинской и Оренбургской областях. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были башкирами или татарами, занимавшимися скотоводством или земледелием. Встречаются также единичные упоминания фамилии среди казахов, что связано с близостью языков и миграциями.

Редкость фамилии в том, что имя Аеткул не так распространено, как, скажем, Ахметкул или Уразкул. Это делает фамилию Аеткулова более локальной и привязанной к определённым родовым группам. В словарях тюркских имён «Ает» иногда трактуют как вариант «Аят» — то же арабское слово, но с иным произношением. Поэтому возможна путаница при записи: в метрических книгах XIX века могли написать и Аеткулов, и Аяткулов, и даже Айткулов — от диалекта писаря.