Фамилия Афаныгина — женская форма, её мужской вариант — Афаныгин. Это редкая фамилия, и её разбор сразу упирается в неочевидную основу. Суффикс -ин здесь указывает на принадлежность: «чей?» — Афаныгин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Афаныга.

Самая прямая версия — что перед нами диалектная или просторечная форма канонического крестильного имени Афанасий. В народной речи это имя дробилось на множество вариантов: Афоня, Фаня, Фоня, Апаня. Форма «Афаныга» могла возникнуть как ласкательное или пренебрежительное образование с суффиксом -ыг(а). Этот суффикс встречается в русских прозвищах, особенно в северных и сибирских говорах, где он придавал имени фамильярный или даже грубоватый оттенок: Ванька превращался в Ваныгу, Санька — в Саныгу. Если это так, то основатель рода Афаныгиных был Афанасием, которого в быту звали Афаныгой.

Вторая гипотеза — связь с диалектным глаголом «афаныгать», который в некоторых говорах означал «побираться, попрошайничать». Тогда прозвище Афаныга мог получить нищий. Но эта версия слабая: глагол редкий, не зафиксирован в авторитетных словарях как широко распространённый. Скорее всего, это народное переосмысление уже готовой фамилии, а не её источник.

Географически фамилия встречается точечно — в основном в центральных областях России и на Урале. В дореволюционных переписях она не была частой, что подтверждает её происхождение от локального прозвищного варианта имени. Сословно — скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия, без дворянских корней. Уникальность её в том, что она сохранила редкую народную форму имени, почти не встречающуюся в письменных источниках. Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение: Афаныгин — это «сын Афаныги», то есть Афанасия, чьё имя в быту получило нестандартную суффиксальную обработку.