Фамилия Афанютина — редкий случай, когда за привычным суффиксом -ин скрывается не просто отчество, а целая цепочка народных переделок. В основе лежит каноническое имя Афанасий (греческое Атанасиа, «бессмертие»), которое в старину было одним из самых частых у крестьян и посадских людей. Но в быту длинное имя резали и перекраивали: отсюда пошли Афоня, Фоня, Фаня, а в некоторых говорах — Афанюта.

Фамилия образована от этой уменьшительной формы Афанюта с помощью типичного для русских фамилий суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей сын?» — Афанютин. То есть Афанютина — это дочь или жена Афанюты, а сам родоначальник, скорее всего, носил прозвище или обиходное имя Афанюта. Модель образования здесь та же, что у фамилий Петин, Васин или Сонин, только основа гораздо реже встречается в документах.

Интересно, что суффикс -ин в этой фамилии не даёт точного ответа, из какой местности пошёл род: он универсален для центральной и северной России. Но сама форма Афанюта — с характерным для северных и поволжских говоров переходом «ф» в «хв» или, наоборот, сохранением мягкого «ф» — могла бытовать в Вологодской, Архангельской или Вятской губерниях. Встречаются и однокоренные варианты: Афанюшин, Афанютин, Афанюков — все они восходят к тому же имени, но с разными суффиксами.

Никакой альтернативной версии — от прозвища или нарицательного слова — у этой фамилии нет. Корень прозрачно тянется к имени Афанасий, и это как раз тот случай, когда этимология не оставляет пространства для споров. Потомок человека по имени Афанюта со временем и получил фамилию Афанютина — без затей, но с живым отпечатком народной речи.