Фамилия Афауновы (в адыгском написании Яфӏунэ или Афӏунэ) происходит от адыгского личного имени Афаун, которое переводят двояко. Первое значение — «вопреки кому-то становящиеся домовитыми»; второе, более прямое — «дом кольчуги». Скорее всего, имя было пожелательным: родители давали его сыну в надежде, что тот вырастет рачительным хозяином, способным обустроить свой дом. Версия с «кольчугой» могла указывать на воинственность предка или его принадлежность к сословию воинов, но в бытовой среде адыгов пожелание домовитости выглядит убедительнее.

Фамилия образована по русской модели: к основе Афаун добавили суффикс -ов, что характерно для фамилий, оформленных в русской канцелярской традиции на Кавказе. Без этого суффикса у адыгов бытовала форма Афаун (или Яфӏун), а с ним фамилия стала склоняемой и привычной для русскоязычного уха.

Интересно, что в фамилии сохранился редкий для русского уха звук «ӏ» (твёрдый приступ), который в адыгских языках обозначает отдельную фонему. На письме его передавали по-разному: через «аф» или «афӏ», что и породило вариант Афаунов вместо, скажем, Афӏаунов. Такие расхождения в написании — обычное дело для фамилий, записанных со слуха чиновниками в XIX веке.

Фамилия Афауновы — не массовая, а локальная. Она встречается преимущественно у кабардинцев и черкесов, и её география привязана к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Это типичный пример адыгской фамилии, которая, пройдя через русское делопроизводство, сохранила свою смысловую основу — пожелание ребёнку стать крепким хозяином.