Фамилия Афаунов — одна из тех, что ясно указывает на свои корни: она адыгского происхождения, и её основа — личное имя Афаун. В адыгском написании имя выглядит как Яфӏэунэ или Афӏэунэ, и его значение двойственное, что нередко встречается в старых именах-пожеланиях.

Первое толкование — «вопреки кому-то становящиеся домовитыми». Это типичное охранительное имя: родители давали его ребёнку, желая, чтобы он, несмотря на трудности или недоброжелателей, вырос хорошим хозяином, привязанным к дому. Второе, более прямое значение — «дом кольчуги». Кольчуга в адыгской культуре — не просто доспех, а символ воинской доблести и защиты. Сочетание «дом» и «кольчуга» могло означать «защищённый дом» или «дом воина».

Словообразовательная модель проста: к адыгскому имени Афаун присоединили русский патронимический суффикс -ов. Так, по обычаю, фиксировали принадлежность к роду: Афаунов — «сын (или потомок) Афауна». Фамилия закрепилась в среде адыгов (черкесов) и распространена в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии и среди адыгской диаспоры.

В отличие от многих русских фамилий, которые образовывались от крестильных имён или прозвищ, Афаунов — пример того, как местное дохристианское имя легло в основу фамилии при переходе на русскую антропонимическую систему. Это не ремесло и не географическое название, а прямое родовое имя, где пожелание предку стать домовитым хозяином или защитником дома оказалось зашифровано в фамилии на века.