Фамилия Афигенов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было шутливым или ироничным. В её основе лежит просторечное слово «афигенный» в значении «отличный, превосходный, огромный». Это не литературная норма, а яркое народное выражение, которое закрепилось в качестве прозвища. Человек, получивший такое прозвище, мог выделяться ростом, силой, размахом в делах или просто вызывать восхищение и удивление окружающих.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Афигенов — сын или потомок человека по прозвищу Афиген. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Афиге́нов, что соответствует ударению в исходном прилагательном.

Интересно, что корень «фиг» (от старого названия кукиша) в народной речи дал целую группу экспрессивных слов — от «фиговый» (плохой) до «афигенный» (отличный). В отличие от фамилий, образованных от церковных имён или названий профессий, Афигенов — пример «народной этимологии», где прозвище возникло не из словаря, а из живого общения. В официальных документах XIX века такая фамилия могла быть записана и как Афигенов, и как Офигенов — из-за акающего произношения.

Географически фамилия встречается редко и преимущественно в южных и центральных регионах России, где диалектная лексика была особенно яркой. Сословных ограничений у неё не было: прозвище могли дать и крестьянину, и мещанину, и казаку. Однокоренные фамилии — Афигеновский, Афигененко — встречаются ещё реже и обычно указывают на украинское или польское происхождение.