Фамилия Ажигенов — редкая, её обладателей в России меньше сотни. Встречается она в основном в Западной Сибири, особенно в Томской области, и почти наверняка имеет тюркские корни. Разбирать её стоит не через суффикс (он стандартный русский -ов, указывающий на принадлежность «чей?»), а через основу, которая звучит непривычно для славянского уха.

Основа «Ажиген» — это, скорее всего, искажённое при переносе в русскую письменность казахское или киргизское имя или прозвище. Наиболее правдоподобная версия: от тюркского слова «ажы» (хаджи) — почётный титул мусульманина, совершившего паломничество в Мекку. Компонент «-ген» в тюркских языках часто означает «подобный», «обладающий качеством». Таким образом, Ажиген могло означать «подобный хаджи», «тот, кто как хаджи», то есть человек, пользующийся уважением, либо прозвище, данное в насмешку тому, кто только хотел прослыть благочестивым.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с этнонимом. «Ажи» или «ачи» — название одного из древних тюркских родов или племён. В таком случае Ажиген — «из рода ажи», а фамилия указывает на родовую принадлежность предка. Поскольку фамилия оформлена русским патронимическим суффиксом -ов, её фиксация произошла уже в XIX — начале XX века, когда тюркское население Российской империи массово получало фамилии по отцу или деду.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Ажиев, Ажибаев, Ажимов) показывает, что все они сконцентрированы в ареале расселения казахов и сибирских татар. Ажигенов — одна из самых редких в этом ряду. Социально предки носителя фамилии могли быть скотоводами или крестьянами, но прозвище «Ажиген» указывает на то, что в роду помнили о человеке, связанном с исламом или выделявшемся особым статусом.