Афинеевский — фамилия, в которой суффикс «-ск-» сразу указывает на её происхождение: её носителем был либо владелец села или деревни Афинеево, либо выходец оттуда. Такие фамилии на «-ский» в XV–XVII веках получали в основном дворяне и духовенство, а позже — крестьяне, переселявшиеся в другие места и записывавшиеся по прежнему месту жительства.

Основа фамилии — топоним Афинеево. Скорее всего, название села или усадьбы произошло от неканонического имени или прозвища Афиней. В старину Афиней (или Афиней) могло быть народной формой греческого имени Афинагóр («говорящий с Афиной», то есть мудрый) или же прозвищем, связанным с церковным праздником — например, с днём памяти святого Афиногена. В любом случае, имя это в русском быту было редким, что делает фамилию сравнительно нечастотной.

По словообразовательной модели Афинеевский стоит в одном ряду с однокоренными Афинеев, Афинин, Афиногенов. Но суффикс «-ск-» добавляет оттенок: если Афинеев — это «сын Афинея», то Афинеевский — «родом из Афинеева». Такие фамилии в XVIII–XIX веках нередко закреплялись за семинаристами: когда выпускнику духовного училища давали звучную фамилию по названию его родного села или прихода. Так что среди Афинеевских могли быть и священники, и дети причетников.

Географически фамилия привязана к центральной России: в метрических книгах XIX века Афинеевские встречаются в основном во Владимирской, Костромской и Ярославской губерниях. Там же есть и сейчас несколько деревень с названием Афинеево, хотя найти их на карте непросто — они малолюдны.

Есть и другая, менее вероятная версия: что фамилия образована напрямую от Афинея — греческого бога, но в русской ономастике мифологические имена в чистом виде почти не давали фамилий крестьянам, только в среде духовенства, и то редко. Поэтому связь с топонимом — основная и самая обоснованная.