Фамилия Афинеевский — яркий пример того, как по суффиксу можно сразу определить историю рода. «-Ск-» в её составе — верный признак того, что перед нами не отчество, а указание на место: такую фамилию получал владелец села или деревни Афинеево, либо человек, оттуда родом. В XV–XVII веках фамилии на «-ский» закреплялись в основном за дворянами и духовенством, а позднее их стали давать крестьянам, которые переселялись и записывались по прежнему месту жительства.

Основа фамилии — топоним Афинеево. Название села или усадьбы, скорее всего, пошло от неканонического имени или прозвища Афиней. В старину так могли называть человека в народной форме греческого имени Афинагор («говорящий с Афиной», то есть мудрый) или же в честь церковного праздника — дня памяти святого Афиногена. Имя это в русском быту было редким, поэтому и сама фамилия встречается нечасто.

Сравним словообразовательную модель: если Афинеев — это «сын Афинея», то Афинеевский — «родом из Афинеева». Однокоренные фамилии — Афинеев, Афинин, Афиногенов — стоят в том же ряду, но суффикс «-ск-» добавляет оттенок территориальной принадлежности. В XVIII–XIX веках такие фамилии нередко закреплялись за семинаристами: выпускнику духовного училища могли дать звучную фамилию по названию его родного села или прихода. Так что среди Афинеевских вполне могли быть священники и дети причетников.

Географически фамилия привязана к центральной России: в метрических книгах XIX века Афинеевские встречаются в основном во Владимирской, Костромской и Ярославской губерниях. Там же и сейчас есть несколько деревень с названием Афинеево, хотя найти их на карте непросто — они малолюдны.

Существует и другая версия: что фамилия образована напрямую от Афинея — греческого бога. Но в русской ономастике мифологические имена в чистом виде почти не давали фамилий крестьянам, только в среде духовенства, и то редко. Поэтому связь с топонимом остаётся основной и самой обоснованной.