Фамилия Афнасов — одна из тех, где народная речь закрепилась в письменном виде, и это сразу бросается в глаза при разборе. Её основа «Афнас» — не случайное искажение, а закономерный диалектный вариант крестильного имени Афанасий. В русских говорах, особенно там, где речь была быстрой, а окончания «съедались», имя Афанасий превращалось в Афоня, Фаня, а местами — в Афнас. Твёрдое «с» на конце вместо мягкого «сий» — характерная черта некоторых южнорусских и рязанских говоров.

Модель образования фамилии стандартная: суффикс «-ов» делает её типичным притяжательным прилагательным. Буквально Афнасов — это «сын Афнаса» или «из рода Афнаса». Такая фамильная модель была массовой среди крестьян и мещан в XVII–XIX веках, когда фамилии давали по имени отца, и это указывает на социальный слой предков — скорее всего, крестьяне или посадские люди.

География фамилии, судя по редкости, узкая. В общероссийских базах «Афнасов» почти не встречается, что говорит о локальном бытовании. Вероятнее всего, фамилия возникла в одном из регионов, где был распространён говор с редукцией окончаний — например, в некоторых районах Рязанской, Тамбовской или Воронежской областей. Там же можно найти однокоренные фамилии: Афнасьев, Афонин, Афоничев — все они восходят к тому же имени Афанасий, но через разные его народные формы.

Альтернативная версия, связывающая фамилию с тюркским корнем (например, от слова «афнас» — «гость» в некоторых диалектах), маловероятна. Она не подтверждается распространённостью фамилии в тюркоязычных регионах, а фонетика «Афн-» и суффикс «-ов» типичны именно для русской адаптации греческого имени Афанасий. Поэтому версия с именем — основная и наиболее правдоподобная.

Итак, предки носителей фамилии Афнасов были, по всей видимости, русскими крестьянами или посадскими людьми из южнорусских или центральных губерний, а их родовое имя пошло от отца по имени Афнас — просторечного варианта Афанасия.