Фамилия Афнасьева — один из тех редких случаев, когда написание расходится с привычным звучанием. На слух она практически неотличима от гораздо более распространённой фамилии Афанасьева, и это не случайность. Разница в одну букву («фн» вместо «фан») — не ошибка переписчика, а прямое отражение живого произношения. В русских говорах, особенно северных и южных, безударный гласный «а» между согласными часто редуцировался до полного исчезновения: имя Афанасий на слух превращалось в Афнасий. Писарь записывал фамилию так, как слышал, без оглядки на книжную норму — так и закрепился этот фонетический вариант.

Основа здесь та же, что и у фамилии Афанасьев. В её основе лежит крестильное имя Афанасий, от греческого «афанатос» — бессмертный. Фамилия образована по стандартной притяжательной модели: к основе Афнасий прибавили суффикс -ев, что буквально означает «сын Афнасия». Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа имени заканчивалась на мягкий согласный (в данном случае на «й»). Форма Афнасьева — женский вариант, исторически принадлежавший женщине или, в контексте документов, жене или дочери Афнасия.

География бытования фамилии совпадает с ареалом распространения «акающих» говоров и сильной редукции гласных. Чаще всего такие написания встречались в документах центральных и южнорусских губерний, где писарь не задумывался о литературной норме. В дореволюционной России носители фамилии Афнасьев (и Афнасьева) относились в основном к крестьянскому и мещанскому сословиям. Дворянские роды с таким написанием практически не встречаются — в родословных книгах предпочитали каноническое Афанасьев.

Это не делает фамилию «неправильной». Она такая же историческая, как и полная форма, просто более редкая и локальная. Сегодня фамилия Афнасьева — живое напоминание о том, как устная речь влияла на письменные документы, и о том, что даже в одной фамилии может скрываться целый пласт диалектной истории.