Фамилия Афнасьева — один из тех редких случаев, когда написание расходится с привычным звучанием. На слух она практически неотличима от гораздо более распространенной фамилии Афанасьева. Разница в одну букву («фн» вместо «фан») — это, скорее всего, не ошибка переписчика, а отражение живого произношения. В русских говорах, особенно северных и южных, безударный гласный «а» между согласными часто редуцировался до полного исчезновения: Афанасий превращался в Афнасий. Так фамилию и записали — как слышали.

Основа здесь та же, что и у фамилии Афанасьев. В её основе лежит крестильное имя Афанасий (от греческого «афанатос» — бессмертный). Фамилия образована по стандартной притяжательной модели: Афнасий + суффикс -ев, то есть «сын Афнасия». Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа имени заканчивалась на мягкий согласный (в данном случае на «й»). Форма Афнасьева — женский вариант, принадлежащий женщине или, в историческом контексте, жене или дочери Афнасия.

Поскольку фамилия представляет собой фонетический вариант, её география бытования совпадает с ареалом распространения «акающих» говоров (где «о» произносят как «а») и сильной редукции гласных. Чаще всего такие написания встречались в документах центральных и южнорусских губерний, где писарь не задумывался о литературной норме, а записывал прозвище или имя на слух. Это не делает фамилию «неправильной» — она такая же историческая, как и полная форма, просто более редкая и локальная.

В дореволюционной России носители фамилии Афнасьев (и Афнасьева) относились в основном к крестьянскому и мещанскому сословиям. Дворянские роды с таким написанием практически не встречаются — в родословных книгах предпочитали каноническое Афанасьев. Сегодня фамилия Афнасьева — это живое напоминание о том, как устная речь влияла на письменные документы, и о том, что даже в одной фамилии может скрываться целый пласт диалектной истории.