Фамилия Агафинец — редкий пример, где суффикс сразу указывает на географию. Окончание -ец в русских фамилиях почти всегда означает выходца из определённого места. Если Иванец — «сын Ивана» или «человек из Иванова», то Агафинец — это «человек из Агафина» или «потомок Агафина». Но есть нюанс: основа фамилии женская, что для прозвищного имени редкость.

Скорее всего, в основе лежит каноническое имя Агафия (от греческого агатос — «добрая», «хорошая»). В русской традиции от женских имён фамилии образовывали редко, но если мать была вдовой или главой дома, детей могли записать по ней — так появлялись Агафьины, Агафоновы и, с западнорусским суффиксом, Агафинцы. Суффикс -ец характерен для украинских, белорусских и южнорусских земель (Полтавщина, Черниговщина, Курская губерния), где «Агафинец» буквально значило «сын Агафии» или «человек из семьи Агафии».

Менее вероятная, но возможная версия — топонимическая. В документах XVIII–XIX веков встречаются хутора и сёла с названием Агафино, Агафьино (например, в бывшей Тамбовской губернии). Переселенец из такого места получал прозвище Агафинец, которое закрепилось как фамилия. Однако в таком случае логичнее было бы ожидать форму Агафинский или Агафьинский — суффикс -ец чаще указывает на прямую родственную связь, а не на принадлежность к селу.

В словарях Бориса Унбегауна фамилия Агафинец прямо не разбирается, но модель женское имя + -ец упоминается как редкая, свойственная в основном западнорусскому и украинскому ареалу. Споров среди ономастов нет: все сходятся на том, что это отчество от имени Агафия.

Носители фамилии сегодня рассеяны — встречается на Украине, в Беларуси и в южных областях России (Краснодарский край, Ростовская область). Известных исторических фигур с такой фамилией нет, что типично для крестьянских фамилий: предки Агафинцев, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, которых записали по имени матери или бабки.