Фамилия Агафинец интересна не столько корнем, сколько способом образования, который сразу выдаёт географию предков. Суффикс -ец в русских фамилиях почти всегда указывает на выходца из определённого места или на прямую родственную связь. Если Иванец — это «сын Ивана» или «человек из Иванова», то Агафинец, скорее всего, означает «потомок Агафии» или «человек из семьи Агафии».

В основе лежит каноническое женское имя Агафия (от греческого agathos — «добрая», «хорошая»). От женских имён фамилии в русской традиции образовывали редко, но в западнорусских и украинских землях это случалось чаще. Если мать была вдовой, главой дома или просто пользовалась большим авторитетом, детей могли записать по ней. Так появлялись Агафьины, Агафоновы, а с суффиксом -ец — Агафинцы. Суффикс -ец характерен для украинских, белорусских и южнорусских земель (Полтавщина, Черниговщина, Курская губерния), где Агафинец буквально значило «сын Агафии».

Есть и вторая, менее вероятная версия — топонимическая. В документах XVIII–XIX веков встречаются хутора и сёла с названием Агафино или Агафьино, например в бывшей Тамбовской губернии. Переселенец из такого места мог получить прозвище Агафинец, которое затем закрепилось как фамилия. Однако здесь есть нюанс: в таком случае логичнее ожидать форму Агафинский или Агафьинский. Суффикс -ец в русской ономастике чаще указывает на родство, а не на принадлежность к селу, поэтому первая версия — отчество от имени матери — выглядит правдоподобнее.

В словарях Бориса Унбегауна фамилия Агафинец прямо не разбирается, но модель «женское имя + -ец» упоминается как редкая, свойственная западнорусскому и украинскому ареалу. Споров среди ономастов по этому поводу нет: все сходятся на том, что это отчество от имени Агафия.

Носители фамилии сегодня рассеяны — встречаются на Украине, в Беларуси и в южных областях России (Краснодарский край, Ростовская область). Известных исторических фигур с такой фамилией нет, что типично для крестьянских фамилий: предки Агафинцев, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, которых записали по имени матери или бабки.