Фамилия Агафошина — женская форма, а её основа, мужская фамилия Агафошин, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от имени через суффикс принадлежности -ин. В данном случае исходным стало крестильное имя Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший). Но не всё так прямолинейно: в фамилии слышится уменьшительно-ласкательный суффикс -ош-, который превращает полное имя Агафон в обиходную форму Агафоша. Такие «домашние» варианты имён (как Тимоша от Тимофей, Дороша от Дорофей) в XV–XVII веках активно переходили в прозвища, а затем и в фамилии, закрепляя за человеком его внутрисемейное прозвание.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на отчество по отцу (Иван Петров — сын Петра), фамилии на -ин в русской традиции нередко фиксировали прозвище или уменьшительное имя, которое давали не только по отцу, но и по матери, если она была вдовой или играла заметную роль в доме. Поэтому Агафошин мог означать «сын Агафоши» — человека, которого в кругу близких звали не полным именем, а ласково, по-свойски.

Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных регионах России, где была сильна традиция «окающего» произношения и уменьшительных форм. В документах XVII века, например, в переписных книгах Вятки и Устюга, попадаются крестьяне с именем Агафошка, что подтверждает бытование этой формы в среде простого люда. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это верный признак крестьянского или посадского происхождения.

Не стоит путать Агафошина с фамилиями от того же корня, но с другим суффиксом: Агафонов (от полного имени) или Агашкин (от просторечного Агашка). Агафошин стоит особняком именно благодаря суффиксу -ош-, который придаёт фамилии оттенок теплоты и указывает на то, что предок был в своём окружении «своим», а не просто «сыном Агафона».