Фамилия Агафошины ведет свое начало от имени Агафоша — просторечной, «домашней» формы церковного имени Агафон. Само имя Агафон имеет греческие корни и переводится как «добрый», «благой». Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище или род занятий, а личное имя предка, которое в быту сократили до ласкательного варианта. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Агафошин буквально означает «сын Агафоши» или «потомок Агафоши».

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий от канонических имен. В отличие от фамилий на -ов/-ев, форма на -ин чаще образовывалась от основ, оканчивающихся на -а или -я (Агафоша, Никита, Илья). Встречаются и однокоренные варианты: Агафонов, Агафоников, Агашин, но именно Агафошин — более редкая форма, сохранившая именно народное произношение имени.

Точное место и время возникновения фамилии Агафошин проследить трудно. Как и многие крестьянские фамилии, она закрепилась в XIX веке, когда фамилии стали обязательными для всех сословий после отмены крепостного права. Однако отдельные упоминания могли встречаться и раньше — в писцовых книгах или ревизских сказках, особенно в центральных и северных губерниях России, где имя Агафон было более распространено.

В современном русском языке имя Агафон почти вышло из употребления, поэтому фамилия Агафошин — один из немногих живых следов этого древнего имени, сохранившийся в семейной истории.