Фамилия Агафошин — из числа тех, что прямо указывают на имя предка. В основе лежит народная форма Агафоша, которую в быту использовали вместо полного крестильного имени Агафон. Имя это греческого происхождения (от «агатос» — добрый, хороший) и пришло на Русь вместе с христианством. Агафоша — не официальный вариант, а разговорный, ласкательный, который в повседневной речи и закрепился за человеком.

Словообразовательная модель здесь простая и распространённая: к основе Агафош- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В буквальном смысле Агафошин означало «сын Агафоши», то есть потомок того, кого в семье звали этой уменьшительной формой. Такие фамилии на -ин типичны для северных и центральных областей России, где активно использовали притяжательные прилагательные для обозначения родства.

Важно не путать основу с именем Агафон — в фамилии Агафошин слышится именно суффиксальный вариант Агафоша, а не прямое имя. Это отличает её, скажем, от фамилии Агафонов, где сохранена полная форма имени. Выбор народной, а не канонической версии говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где ценили живую речь, — скорее всего, среди крестьян или посадских людей, у которых прозвища и домашние имена часто вытесняли официальные.

Географически фамилия Агафошин встречается не повсеместно. По данным современных исследований, её очаги тяготеют к Поволжью и некоторым районам Урала. Это косвенно подтверждает, что носители фамилии были выходцами из тех мест, где имя Агафон было популярно в XVI–XVII веках, а затем его уменьшительная форма дала устойчивую фамилию.

Никакой другой, не связанной с именем, версии происхождения у фамилии нет. Корень «агаф-» в русском языке не имеет самостоятельного значения вне имени, так что все попытки привязать её к каким-то ремёслам или прозвищам надуманны. Перед нами чистый случай патронимической фамилии, образованной от календарного имени через народную форму.