Фамилия Агафошкина образована от имени Агафошка — народной, обиходной формы крестильного имени Агафон. Само имя Агафон греческого происхождения и переводится как «добрый», «благотворный», «добродетельный». Один из небесных покровителей этого имени — Папа Римский Агафон, живший в VII веке. По преданию, он раздал имущество бедным, ушёл в монастырь, а на папский престол взошёл уже в глубокой старости, более ста лет от роду. Церковь почитает его как чудотворца: православные поминают 20 февраля (по юлианскому календарю), католики — 10 января.

Суффикс -к- в имени Агафошка характерен для просторечных, бытовых форм имён. Такие формы в повседневной речи употребляли чаще, чем полное церковное имя, особенно в крестьянской и рабочей среде. Фамилия на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Агафошки». Значит, родоначальник Агафошкиных был человеком по имени Агафошка, и его потомки закрепили это отчество в качестве фамилии.

Скорее всего, основатель рода не принадлежал к знати или духовенству, а был выходцем из простонародья — крестьян или ремесленников. Фамилия эта редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России. Сравните с однокоренными и более распространёнными фамилиями Агафонов, Агафошин, Агашкин — все они восходят к тому же корню, но к разным производным формам имени Агафон.