Фамилия Агаглуян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ян. Этот суффикс в армянском языке означает «из рода» или «принадлежащий к», то есть Агаглуян — это потомок человека по прозвищу или имени Агаглу.

Основа фамилии — «Агаглу» — скорее всего, восходит к тюркскому слову «ага» (господин, старший, начальник) в сочетании с другим элементом. Вторая часть «-глу» — это распространённый в тюркских языках компонент, означающий «имеющий», «обладающий». Буквально «агаглу» можно перевести как «имеющий господина» или «принадлежащий к господину». В армянской среде такие прозвища нередко давали человеку, который служил у знатного лица, был управляющим или просто пользовался авторитетом и уважением. Есть и другая, менее вероятная версия: «Агаглу» могло быть прозвищем по месту жительства или происхождения, связанным с топонимом, в основе которого лежит то же слово «ага».

Исторически армянские фамилии на -ян окончательно закрепились в XIX веке, хотя процесс их формирования шёл несколько столетий. Фамилия Агаглуян, судя по её структуре, возникла в среде, где армянское население было тесно связано с тюркоязычным окружением — это характерно для Западной Армении (территории современной Турции) и регионов Закавказья. Носители фамилии после геноцида армян 1915 года и последующих миграций рассеяны по всему миру, но значительная часть живёт в Армении, России и странах Ближнего Востока.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых армянских фамилий. Её носители — это, скорее всего, потомки людей, которые в прошлом имели отношение к управлению или службе, что и закрепилось в их родовом имени.