Фамилия Аггеев — редкий случай, когда церковное имя перешло в фамилию почти без изменений, сохранив архаичное звучание. В основе лежит каноническое имя Аггей, которое в православных святцах восходит к ветхозаветному пророку Аггею (от древнееврейского «хаггай» — праздничный, торжествующий). В русской традиции имя Аггей было редким, преимущественно монашеским, и в народном быту почти не встречалось, поэтому фамилия Аггеев — одна из самых немногочисленных среди «именных» русских фамилий.

Суффикс -ев указывает на типичную модель образования: «чей сын?» — Аггеев, то есть потомок человека по имени Аггей. Интересно, что в старых документах встречалось двоякое написание: через одно «г» (Агеев) и с удвоением (Аггеев). Второй вариант — книжный, отражающий греческое написание имени (Ἀγγαῖος), и именно он закрепился в церковной среде. Поэтому носители фамилии Аггеев, скорее всего, происходят из семей, где кто-то из предков был связан с духовенством: священник, дьякон или причетник, получивший фамилию по своему церковному имени.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Агеев встречается гораздо чаще — это народная, «облегчённая» форма. Аггеев же остался в узком кругу, и его носители до революции концентрировались в центральных губерниях, особенно в Московской и Тверской, где было много приходов с «учёным» духовенством. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» этот случай упоминается как пример того, как церковная орфография имени создала отдельную фамильную линию, отличную от массовой народной.

В XX веке, после реформы орфографии, написание «Аггеев» стало восприниматься как устаревшее, но именно оно сохраняет прямую связь с редким церковным именем. Носители этой фамилии могут с высокой вероятностью отследить свои корни через метрические книги духовных училищ и семинарий — именно там чаще всего фиксировали такое написание.